معاونت حمل‌ونقل، شهرسازی و اجرایی یکی از ارکان اصلی سازمان به‌شمار می‌آید که مأموریت آن هدایت و راهبری پروژه‌های عمرانی و زیرساختی در حوزه‌های حمل‌ونقل، توسعه شهری و امور اجرایی است. این معاونت با رویکردی مبتنی بر توسعه پایدار، ایمنی، هوشمندسازی و بهره‌برداری، مسئولیت سیاست‌گذاری، طراحی، نظارت و اجرای طرح‌های عمرانی ملی و منطقه‌ای را برعهده دارد.
همچنین پیگیری مطالبات شرکت، حق‌الزحمه طرح ها و تعامل مؤثر با کارفرمایان و سازمان‌ها را به‌منظور تسهیل جریان کار و تقویت همکاری‌های بین‌نهادی برعهده دارد. از دیگر وظایف این معاونت پیگیری موضوعات حق بیمه تأمین اجتماعی طرح های عمرانی و غیرعمرانی است.
مأموریت‌ها و حوزه‌های تخصصی:
